A Gestão de Projetos surgiu, juntamente com a Gestão de Pessoas, para suprir necessidades individuais de membros, organizar os projetos e otimizar o aprendizado dos petianos dentro de cada atividade. Tal otimização é feita a partir do uso de técnicas de gestão não antes utilizadas no PET, como Taxonomia de Bloom, metodologias ágeis e acompanhamento de coordenadores.
A adoção da ferramenta de gestão de atividades Trello foi de suma importância para que essas técnicas pudessem ser aplicadas na íntegra. Com o Trello as informações de cada projeto foram centralizadas, tornando mais fácil a visualização da evolução do projeto e a comunicação foi simplificada, evitando membros perdidos com o andamento do projeto e a dispersão de informações em grupos de WhatsApp.